由于父母离异,刚满10岁的忠志(神木隆之介 饰)只好跟母亲来到乡下跟外公一起生活。一次偶然,忠志参拜神社时被选为“麒麟送子”。当地有个传说,被选为麒麟送子的孩子可在大天狗山顶,拿到传说中大天狗守护的飞剑。传说那飞剑是用来维护和平的,伙伴们揶揄他不敢上大天狗山取麒麟送子的宝剑。他在尝试一半后,被吓回来。
另一方面,千年魔人加藤保宪(丰川悦司 饰)复活,他利用废旧物品的怨气,将其与抓来的妖怪们扔到大怨灵炼火中融合形成邪恶的怪物军团,并率领它们企图毁灭人类。在山神、河童和川姬等妖怪的努力下,忠志通过了考验。为了保卫世界,忠志决定和妖怪们齐心合力,和大恶人决一死战,妖怪大战争正式展开!最让平民无法想象的是,无论申屠信还是童星光都不是落单的时候被杀的,申屠信死在守卫森严的狮将军府,童星光更是在军营的大帐里被杀,这让很多人都在怀疑如果那个杀手想,是不是连星主、首相和大元帅都能轻易杀死?